Logo

Budapest 1117, Pázmány Péter sétány 1/A
Posta cím: H-1518 Budapest Pf.32
Titkárság telefonszáma: +36-1-372-2500/6084
Fax: +36-1-372-2811
e-mail: Szabó Csaba, Kovácsné Sárkány Katalin

ELTE

Új generációs genomikai laboratórium (NGS labor)

 


Elérhetőség

Cím: 1117 Budapest, Pázmány Péter stny. 1/C, 6. emelet, 6.711 szoba
Kapcsolattartó: Felföldi Tamás
Telefonszám: +36-1-372-2500/8384
e-mail:


 

Bemutatkozás

A Genomikai Laboratóriumban két nagy áteresztőképességű és gyors genetikai analizátor rendszer áll rendelkezésre, amelyek az ún. új generációs szekvenálási módszerekkel végzik a DNS bázissorrendjének a meghatározását. A Roche cég GS Junior készüléke a piroszekvenálás, míg a Life Technologies Ion Torrent PGM szekvenátora a félvezető alapú szekvenálás elvén működik. Ezek a korábbi módszerekhez képest nagyságrendekkel több adatot képesek előállítani, ami a kapott eredmények megbízhatóságát és az elemzések felbontását is növeli. Az elméletileg széles kutatási igények kielégítését biztosító rendszerekkel jelenleg főként mikrobiális közösség elemzésekkel és teljes genomok de novo meghatározásával kapcsolatos vizsgálatok folynak.
A szekvenátorok mellett az előkészítő lépéseket és az adatértékelést végző kiegészítő műszerpark is megtalálható a laboratóriumban.

 

Előkészítő műszerek

Az új generációs szekvenálás előkészítő műszerei

 

A főbb műszerek jellemzői

Model 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)
Az Agilent 2100 Bioanalyzer DNS, RNS és fehérjék mennyiségi és minőségi vizsgálatát teszi lehetővé miniatürizált chip-alapú elektroforézis rendszerek segítségével.

StepOnePlus Real-Time PCR System (Life Technologies)
A műszer lényegében egy nagy teljesítményű kvalitatív PCR készülék, ami különböző gének mennyiségi vizsgálatára és nagy felbontású olvadási elemzésre (HRM) alkalmas. A LED alapú 4-színes optikai detektálás segítségével a műszer számos genomikai kutatási munkában nagy segítséget nyújt.

Ion OneTouch 2 és Ion OneTouch ES (Life Technologies)
A készülékek segítségével milliónyi apró mikroreaktor létrehozására nyílik lehetőség, amikben később klonális DNS felsokszorozódás zajlik (emulziós PCR). A felszínükön több ezer azonos DNS molekulát tartalmazó mikrogyöngyök mágneses szeparáció segítségével nyerhetőek vissza, amelyeket aztán később új generációs szekvenálással elemez az Ion Torrent PGM platform.

Ion Torrent Personal Genome Machine (Life Technologies)
A rendszer félvezető szekvenálási technikát ötvöz természetes biokémiai folyamatokkal, amely során a kémiai jel digitális információvá fordítódik át. A szekvenálási módszer alapja a következő biokémiai folyamat: ha polimeráz enzim hatására a DNS láncba nukleotid épül be, akkor hidrogénion lép ki. Ezeket a hidrogéneket apró pH-mérők érzékelik, amik elképsztő sürüségben fordulnak elő egy kicsi félvezető chip felszínén. A több mint egymillió ilyen apró rektorcella lehetőséget biztosít különböző DNS darabok együttes szekvenálására.

 

Ion Torrent PGM (Life Technologies)

Ion Torrent PGM (Life Technologies) új generációs szekvenáló berendezés

 

GS Junior (Roche)
Az előző platformhoz hasonlóan ez a rendszer is a „szintézissel történő szekvenálás" elvét és sűrűn elhelyezkedő mikrocellákat használ. Ebben az esetben viszont a DNS láncba történő nukleotid beépülés során felszabaduló pirofoszfát molekulákat detektálja a rendszer, mégpedig úgy, hogy kemilumineszens jellé alakítja, és a keletkező fényt egy kamera rögzíti.

 

GS Junior (Roche)

GS Junior (Roche) új generációs szekvenáló berendezés 

 

Támogatók

KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002
TÁMOP-4.2.2/B-10/1-2010-0030

 


Vissza a lap tetejére

FaLang translation system by Faboba